上海交通大學醫學院是全國臨床教學資源最豐富的醫學院校，也是教育部本科教學工作水平評估“優秀”學校。2012年入選教育部第一批卓越醫生教育培養計劃項目試點高校，並擔任上海市卓越醫學教育計劃專家組組長單位。

醫學院目前設有8個本科專業（臨床醫學、口腔醫學、兒科學、生物醫學科學、預防醫學、醫學檢驗技術、護理學、食品衛生與營養學），其中臨床醫 學、口腔醫學、醫學檢驗、護理學為國家特色專業；臨床醫學八年製（法文班）與（4+4碩博班）、兒科學（“5+3”一體化培養）與臨床醫學（五年製 ，英語班）是醫學院的特色班級。2015年以培養生命科學領域卓越領軍人才為目標，新增生物醫學科學專業。

醫學院以培養卓越醫學創新人才為目標，始終踐行“將一批今天優秀，極具創新潛質的學生能夠和不斷超越自己，極具創新思維的優秀老師合在一起相互激勵，共同超越，使我們的學生更加優秀，使我們的老師更加卓越，產生使學生和老師都終身受益的創新能力和智慧”的教育教學理念。

交大醫學院本科人才培養遵循醫學教育規律，注重更新教育理念，改革教學內容、教學方法和課程體係，將醫德教育貫穿醫學教育全過程，不僅注重醫學知識傳授，更注重激發學生的專業興趣和科研思維。醫學院通過不斷實施PBL、CBL、RBL等以學生自主學習為主導的教學方法改革，明確學生在教學中的主體地位，強化醫學生醫德素養和臨床實踐能力的培養，實現了臨床各學科間知識有機整合，基礎與臨床醫學知識的整合，理論授課與臨床實踐的整合，完善以能力為導向的形成性與終結性相結合的評價體係，加強醫教結合，強化臨床實踐環節，增加基層見習，嚴格臨床實習過程管理，實現早臨床、多臨床、反複臨床，培養具有係統的醫學基礎知識和初步的臨床能力，具有終身學習能力和關愛病人、尊重生命的職業操守，能不斷追求卓越的高水平醫學畢業生，形成具有上海交通大學醫學院特色和優勢的本科醫學人才培養模式。

醫學院持續深化國際合作，注重對外交流，醫學教育國際化水平不斷提高。已與19個國家和地區的63所大學及科研機構展開了廣泛的合作。聘請了200餘位國外專家作為學院的名譽教授、顧問教授和客座教授。臨床醫學法語班是中法兩國政府間重點教育合作項目，也是交大醫學院和法國醫學院校之間曆史久遠的高水平合作延續。30多年來，培養了一大批優秀的醫生，成為臨床、科研、教學的領軍人物和骨幹力量。2013年10月學院與渥太華大學醫學院簽署的《上海交通大學醫學院渥太華大學醫學院合作協議》，成立“上海交通大學-渥太華大學聯合醫學院”，2015年起正式開始招生。實現國際合作醫學辦學由項目化到係統化的重大轉變。