上海交通大學醫學院研究生教育學科門類齊全，綜合優勢顯著。培養研究生的研究領域包括基礎醫學、臨床醫學、口腔醫學、生物學、藥學、公共衛生與預防醫學、護理學和中西醫結合臨床等。

醫學院研究生教育圍繞“雙一流”建設目標，努力推進研究生分層分類培養模式改革，並依托院本部及附屬單位優質資源辦學，大量的前沿科研項目、充足的科研經費、先進的科研設施設備、雄厚的實踐基地、豐富的圖書文獻資源，以及一流的導師隊伍和廣泛的國際合作交流等，為研究生開展學術研究、參與課題實踐、提升創新能力提供了強大的支撐和保障。

積極主辦上海市研究生暑期學校、學術論壇和醫學院“博極醫源”研究生學術論壇，著力營造研究生學術創新氛圍，促進研究生之間的學術交流和思想碰撞，提高研究生培養質量。

注重對外交流，充分利用國家留學基金委、上海交通大學、醫學院等多種渠道，積極推動研究生教育的國際化。大力推動公派出國留學、研究生參加國際會議以及海外遊學等多種形式的研究生教育國際交流和合作。