上海交通大學醫學院科技發展處承擔醫學院科研管理服務工作。在院領導的指導下對接國家戰略需求，製訂科技發展規劃，著力提升醫學院的科研競爭力。主要職能分計劃（項目）管理、科技成果管理、知識產權、技術轉移推進、基地平台建設管理、科研經費管理、科技統計等工作，下設4個科室。

計劃管理科：主要職責-負責國家級、部委級、市級、局級、院級各類項目及各類人才培養計劃的申報、組織實施、協調及總結驗收等管理工作。

成果管理科：主要職責-負責科技成果的成果登記、申報國家、部委、上海市等各級科技成果獎；科技成果推廣轉化的組織協調、知識產權谘詢、專利申請、學術交流和上海市產學研項目的組織管理；負責科技精英及各類社會團體獎勵的申報。

基地平台建設科：主要職責-負責各類科研機構（研究所、中心、研究室）和國家、省部級、校重點實驗室的申報、日常管理及考核、評估等基地平台工作。

綜合管理科：主要職責-負責各類科技統計、校內科技獎勵政策的實施、SCI論文發表情況的分析、學會聯絡、文科科研項目管理、科研管理信息係統平台管理、科研經費管理、部門預算的編製及辦公室文秘、檔案等日常事務處理工作。