上海交通大學醫學院的新院徽，既繼承了原上海第二醫科大學的文化底蘊，又添加了上海交通大學的工科特色，形象鮮明、寓意豐富。

院徽的中心造型為國際公認的醫療衛生行業的永久標誌與象征——蛇杖。蛇杖上部展開的翅膀，孕育白衣天使的美好寓意，更象征著醫學事業的騰飛；翅膀與人形的巧妙融合，是我院“博極醫源，精勤不倦” 精神的生動描述。同時，運用“白玉蘭花瓣”的形象元素，點題上海以及海派文化薈萃，切合我院“海納百川，博采眾長”的傳統特色。

院徽中“J.A.T.S”的字母組合，是對我院前身“上海第二醫科大學”的曆史傳承；代表工科性質的齒輪與“S”的融合，寓意著我院更名後醫理、醫工結合發展的曆史新機遇。院徽周邊附以中英文的“上海交通大學醫學院”字樣，於形神一致中展現了我院五十多年辦學曆程的獨特風采。

綜上所述，上海交通大學醫學院的院徽既包含了我院的傳統文化底蘊，又突出了“上海交通大學”的強大工科背景；不僅充分表達了醫學的深刻內涵，更闡明了我院的辦學思想和理念，文明韻味濃厚，特色象征鮮明。