據統計，現醫學院的社團數量有57個，平均每學期活動開展次數將近1000次，優質的社團活動讓大家能在繁忙的學業之外找到放鬆的新天地。空手道協會參與的全國全接觸空手道杭州獅魂全國大會的震撼，醫家親排球協會班級排球賽和體總杯的歡樂，蘭陵劇社、相聲協會和絲竹清韻民樂社的專場震撼，又或者是國標舞協會、Freshin’街舞社、Nana team的舞台表演的奪人眼球……愉悅的社團活動為交醫學子打造了輕鬆的生活氛圍。除了文體，醫學院的社團也積極投身公益文化活動，以暑期支教和醫路啟蒙為核心的山山圓夢義工社，點綠義賣來宣傳艾滋病同伴教育的艾滋病同伴教育協會，舉辦各類臨終關懷誌願者活動的生命關懷誌願者協會……多達18個常規活動的公益類社團吸引著大批有奉獻精神的同學們投入其中，在充實的課餘生活中收獲經驗、體會成長。

為了擴大各社團展示自己風采的舞台，促進各社團之間的溝通與交流，醫學院每學期會舉辦社團文化節，並通過社團文化節遊園會、“社彩第醫課”展示課、社團專場、桌麵競技比賽和文化節閉幕晚會等形式使同學們更好的參與活動、體驗校園文化生活，進一步了解我院博采眾長的社團文化。先後舉辦“再遇見”、“涉獵”第十五、第十六屆社團文化節，通過“遊園會”、社彩第一課、閉幕晚會的有機結合為社團提供多樣舞台，讓更多學生參與共築校園風景線；協助舉辦“夢幻之夜”社團專場，為蘭陵劇社、音樂劇社、交醫舞協、相聲協會等提供專屬演出機會，呈現多元魅力校園；通過開設社團公開課、打造“交醫女生周”，提升活動整體性，服務更廣大的醫學院。